真空干燥機工作無防爆、防腐蝕等處理，不得放易然、易爆、易產生腐蝕性氣體的物品進行真空干燥機機。
真空泵不能長時期工作，因此當真空度達到真空干燥機機物品要求時，應先關閉真空閥，再關閉真空泵電源，待真空度小于真空干燥機機物品要求時，再打開真空閥及真空泵電源，繼續抽真空，這樣可延長真空泵使用壽命。
真空干燥機的物品如潮濕，則在真空箱與真空泵之間好加入過濾器，防止潮濕氣體進入真空泵，造成真空泵故障。真空干燥機的物品如真空干燥機機后改變為重量輕，體積小，應在工作室內抽真空口加隔阻網，以防真空干燥機機物吸入而損壞真空泵。
真空干燥機經多次使用后，會產生不能抽真空的現象，此時應更換門封條或調整箱體上的門扣伸出距離來解決。當真空箱真空干燥機機溫度高于200℃時，會產生慢漏氣現象，此時拆開箱體真空干燥機機背后蓋板用內六角扳手擰松加熱器底座，調換密封圈或擰緊加熱器底座來解決。
若真空干燥機長期不用，將露在外面的電鍍件擦凈后涂上中性油脂，以防腐蝕，并套上塑料薄膜防塵罩，放置于真空干燥機的室內，以免電器元件受潮損壞，影響使用。